Los hoteles boutique en Cusco ocupan casonas coloniales del siglo XVI ubicadas en el centro histórico, a pocas cuadras de la plaza de Armas y del templo Koricancha. Las tarifas van desde 90 USD por noche en establecimientos de gama media hasta más de 400 USD en propiedades de lujo como el Monasterio, A Belmond Hotel. En estos alojamientos encontrará habitaciones equipadas con sistemas de oxígeno enriquecido, patios interiores con fuentes, restaurantes de cocina andina y bares con vistas. Los barrios más recomendados para alojarse son el centro monumental y el barrio de San Blas, por su proximidad a los principales atractivos turísticos.
Entre los hoteles mejor valorados destacan el Palacio del Inka, frente a Koricancha, con piscina cubierta y clases de pisco; el Aranwa Cusco Boutique Hotel, con un museo de arte colonial y oxígeno inteligente en cada suite; y el JW Marriott El Convento Cusco, con ladrillos expuestos del siglo XVI y dos restaurantes gourmet. Todos ofrecen desayuno buffet incluido y servicio de traslado al aeropuerto. Para aclimatarse a la altitud (3400 m), los hoteles sirven té de coca de bienvenida y recomiendan descansar el primer día. Reserve con antelación, especialmente en temporada alta (junio a agosto), ya que estos hoteles boutique tienen disponibilidad limitada.